Thay đổi lớn nhất của Fortuner mới là ở phiên bản 2.5G được trang bị động cơ diesel mới 2KD-FTV VNT, dung tích 2,5 lít với bộ tăng áp biến thiên VNT (Variable Nozzle Turbo) kết hợp hộp số tay 5 cấp. Động cơ diesel mới cho công suất cực đại 142 mã lực (tăng 41% so với 101 mã lực của động cơ trước) và mô-men xoắn 343Nm (tăng 32% so với mức 260Nm ở động cơ trước). Toyota cũng cho biết mức tiêu hao nhiên liệu trung bình giảm 11%, từ 8,3 lít/100km ở mẫu xe trước xuống 7,4 lít/100km ở mẫu mới với điều kiện thử tiêu chuẩn. Phiên bản Fortuner 2.7V không thay đổi động cơ, vẫn là loại động cơ xăng 2TR-FE dung tích 2,7 lít, 4 xi-lanh thẳng hàng kết hợp hộp số tự động 4 cấp, dẫn động 1 cầu (4x2) hoặc 2 cầu (4x4).

Mẫu Fortuner 2.5G 2013 mới được bổ sung cảm biến lùi hỗ trợ cho việc lùi xe an toàn hơn. Bộ căng đai khẩn cấp cho đai an toàn phía trước và tính năng khoá cửa tự động theo tốc độ được trang bị mới cho tất cả các phiên bản của Fortuner nhằm gia tăng sự an toàn. Thiết kế ngoại hình xe không đổi, duy chỉ phiên bản Fortuner 2.5G được bổ sung một khe hút gió trên ca-pô giúp tăng khả năng làm mát cho động cơ cũng như tạo điểm nhấn về tính thể thao mạnh mẽ hơn. Giá bán lẻ của xe Fortuner (VNĐ, đã bao gồm VAT): - Fortuner 2.5G: 878.000.000 - Fortuner 2.7V 4x4: 1.039.000.000 - Fortuner 2.7V 4x2: 934.000.000